污物驅動的應用在于能夠顯著的移除廢棄的底物。目前，使用傳統的好氧處理時，氧化每千克碳水化合物就需要消耗1 kWh的能量。例如，生活污水的處理每立方米需要消耗0.5 kWh的能量，折算后在這一項上每人每年需要消耗的能源約為30 kWh。為了解決這一問題，需要開發一些技術，特別是針對高強度的廢水。在這一領域中常用的是Upflow Anaerobic Sludge Blanket反應器，它產生沼氣，特別是在處理濃縮的工業廢水時。UASB反應器通常以每立方米反應器每天10~20 kg化學需氧量的負荷速率處理高度可降解性的廢水，并且具有（帶有一個燃燒引擎作為轉換器）35%的總電力效率，意味著反應器功率輸出為0.5~1 kW/m3。它的效率主要決定于燃燒沼氣時損失的能量。未來如果發展了比現有的能更有效的氧化沼氣的化學染料電池的話，很可能能夠獲得更高的效率。
能夠轉化具有積極市場價值的某種定性底物的電池，譬如葡萄糖，將以具有高能量效率作為首要目標。雖然MFCs的功率密度與諸如甲醇驅動的FCs相比是相當低的，但是對于這項技術而言，以底物安全性為代表的多功能性是它的一個重要優勢。
全面的看，作為一種參考，以高速率的厭氧消化手段從生物量中重獲能量的資本支出約為安裝每百萬瓦生產量花費100萬瓦。后一數值也同樣適用于通過傳統的燃燒途徑、風力渦輪機以及化學染料電池等方法利用化石燃料產能。因此這一手段也處于競爭之地。何況目前，微生物燃料電池尚未達到這一水準的功率輸出。負荷速率為每天每立方米反應器0.1~10 kg的化學需氧量時，可以認為實際上能達到的功率輸出在0.01~1.25 kW/m3之間。然而，對于好氧的處理過程，觀察到的生長速率為消耗每克有機底物產生0.4克生物量生成，而對于厭氧發酵產生沼氣的過程這一速率理論上僅為0.077。基于MFC過程的本質，其產量應該介于這兩種代謝類型之間。觀察到的以葡萄糖飼喂的MFCs的生長速率在0.07~0.22之間。由于廢水處理設備中淤泥處理的花費多達每噸干物質500，這一數量的減少對于該過程的經濟平衡具有重要的提示意義。
有效的設計和操作能夠創造一種技術平臺，能夠在多種領域運用而不需要進行本質上的修改。除了經濟方面，MFCs已經展現了支柱性的核心技術的姿態。它們在低的和適中的溫度下能有效的產生能量并轉化一系列的電子供體，甚至即使電子供體僅以低濃度存在。在這些方面現在還沒有能夠與之相媲美的其他已知技術。

標簽：微生物燃料電池