殼聚糖可以被看作為纖維素的C2位羥基被氨基取代的產物。殼聚糖分子結構中因含有大量的羥基，氨基等，其分子內及分子間存在大量的氫鍵。

由于存在氫鍵，使其形成了大分子的二級結構，再加上分子結構的規整性，使得殼聚糖分子易形成結晶區。殼聚糖有著豐富的物理、化學和生物特性，主要包括：陽離子聚電解質性、多功能基反應活性、生物相容性、抗菌性、生物可降解性等。

由于殼聚糖的基本單元是帶有氨基的葡萄糖，分子鏈上同時含有羥基，氨基、氧橋等活性基團，可以發生諸多的衍生化反應，比如成鹽、絡合、堿化、磷酸或硫酸酯化、Schiff堿反應、硝化、烷基化、接枝共聚、降解反應等。

由于殼聚糖具有良好的抗菌性，生物相容性、生物降解性、生物粘附性、以及其無毒的特性，使其在醫藥、紡織、食品、藥妝、農業以及環境處理方面有著廣泛的應用前景。

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