生肥與熟肥的不同：
有機質都是由多元體的大分予所構成，諸如骨粉、魚粉、肉粉、大豆、米糠……這一些有機質稱之為生肥，它們都不能被植物所吸收利用，而必須經過微生物酵的過程，才能分解成植物可吸收的有機營養分(熟肥)，也就是說生肥經過完全的發酵分解才能分解成熟肥，這種發酵的過程稱之為堆肥化e68a84e79fa5e(Compoting)。
生肥、半熟肥與全熟肥：
只有全熟肥才能毫無顧忌地施放耕地使用，因為全熟肥不再產生發酵熱、有害氣體、病原菌及病蟲害。不過全熟肥在發酵期中所產生的有機營養分，包括氨基酸、核疳酸、維他命、植物生長激素、抗生物質……等都已大部消失，肥效損失浩大。相反地，生肥有機質受土壤中微生物(有益菌或病原菌)的分解之后，產生各種新鮮有效的有機營養分在未受破壞之前及時來提供植物的生長之需。
因此有效肥分是使用生肥的好處，不過發酵時所產生的發酵熱、各種有毒的氣態產物(如氨氣及硫化氫)為害植物。同時又因微生物的大量繁殖而消耗大量氮源及氧氣，造成作物缺氮現象(氮饑餓現象)及缺氧現象。
生肥中病原菌又會大量繁殖，它又有病蟲卵子及雜草種子，因此生肥的害處遠超于其肥效的好處，終究發酵完熟的堆肥還是比生肥安全。現代科技發達，已能由土壤中提煉出各種有益農作的土壤微生物來，經純化、培養并量產成綜合微生物制劑，因此，新一代的有機堆肥則能生產出兼顧新鮮有機肥效，并能免于發酵之害的微生物半熟肥。
微生物半熟堆肥(菌肥)：
有機材料混勻后，不令其自然發酵而利用有益土壤微生物、水分及打氣翻堆的方式來控制其發酵過程，令有機物在初期大量分解并發出高熱(50C~75C)以殺除病害、昆蟲卵子及雜草種子，然后即以適溫(40C~50C)來緩慢分解為半熟肥，并同時利用其能量來培養大量有益微生物群。如此不但可防止將來施用時發酵而過熱燒根以及氨氣、硫化氫的為害，并可避免微生物大量繁殖耗費氧氣及氮素，所造成的缺氧及缺氮的現象。

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