有機肥料主要有糞肥、綠肥、廄肥、堆肥等。這些肥料含有氮、磷、鉀等多種無機鹽類和蛋白質、脂肪和糖類等有機物質。肥效較好而持久，但施用后見效較慢，所以又稱為"遲效肥料"。有機肥料在水中會腐爛分解，消耗水中氧氣，放出有毒氣體(硫化二氫、氨、二氧化碳等)對魚類生長會帶來一定的影響，施用時，不宜將大量新鮮的有機肥料直接施入魚池，而應事先將其封閉發酵腐熟后再施為宜

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